Las autoridades municipales implementarán un proyecto de protección para evitar el deterioro de 21 polígonos donde se tienen identificados sitios históricos. Esto en conjunto con el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
Para protegerlos se ha realizado un programa para delimitar los espacios con distintas tareas, las cuales se han desarrollado también, junto a la Secretaría de Desarrollo Sustentable del municipio. Por ejemplo , se dejó de celebrar el equinoccio en la zona arqueológica del barrio de La Cruz.
Se buscarán patrocionios para hacer mejoras, colocar señalización , delimitaciones al público y ampliar las labores de investigación.
Son actualmente 21 sitios los que se integrarán a este proyecto de protección.
Se evitarán edificaciones o invasiones a estos espacios , ya que los aspectos más importantes a proteger tienen que ver con construcciones prehispánicas, ya que en San Juan del Río hay 100 puntos arqueológicos y 70 c0n vestigios , los cuales entran en los polígonos mencionados.